В соответствии с пунктом 5 статьи 2 Налогового кодекса, если международным договором, ратифицированным Республикой Казахстан, установлены иные правила, чем те, которые содержатся в Налоговом кодексе, применяются правила указанного договора.
Согласно положениям статьи 1 Соглашения между Республикой Казахстан и Российской Федерацией о статусе города Байконур, порядке формирования и статусе его органов исполнительной власти (г. Москва, 23 декабря 1995 года) город Байконур является административно-территориальной единицей РК, функционирующей в условиях аренды.
На период аренды комплекса «Байконур» город Байконур в отношениях с Российской Федерацией наделяется статусом, соответствующим городу федерального значения Российской Федерации, с особым режимом безопасного функционирования объектов, предприятий и организаций, а также проживания граждан.
Таким образом, на период аренды комплекса «Байконур» на территории г. Байконур действует налоговое законодательство Российской Федерации.